Una sola prueba genética para todos los niños con cáncer mejora el diagnóstico y el tratamiento

El análisis de todo el ARN del tumor detecta más cambios genéticos clínicamente relevantes en niños con cáncer que los métodos de diagnóstico tradicionales, según ha demostrado una nueva investigación.

Se extrae un trozo de tejido tumoral de todos los niños con cáncer para determinar la forma exacta de su enfermedad. El trozo de tejido se observa bajo el microscopio, pero también se analiza en busca de fallas genéticas. Los cambios tanto en el ADN como en el ARN, una traducción del código de ADN, pueden proporcionar pistas importantes sobre el tipo exacto de cáncer, la agresividad del tumor y el posible beneficio de los medicamentos dirigidos.

Sustitución de las pruebas clásicas

Todo el ARN disponible en una pieza de tejido tumoral de cada niño con cáncer en los Países Bajos se estudia utilizando la llamada «secuenciación de ARN», actualmente además de los diagnósticos tradicionales. Esto fue posible gracias a la apertura del Centro Princesa Máxima de oncología pediátrica. en 2018, el hospital de investigación donde se trata a todos los niños con cáncer en los Países Bajos.

En algunos niños, la secuenciación del ARN ya ha permitido mejorar el diagnóstico y adaptar el tratamiento. Para una gran cantidad de tipos de cáncer, el Laboratorio de Diagnóstico del Centro Princesa Máxima ya reemplazó las pruebas tradicionales con amplios análisis de ARN. Los investigadores esperan que también puedan cambiar completamente rápidamente para los otros tipos de cáncer, especialmente las formas de leucemia.

genes de fusión

En un nuevo estudio, los científicos del Centro Princesa Máxima compararon la eficacia de la secuenciación del ARN con los métodos tradicionales que permiten buscar específicamente en el ADN y el ARN cambios genéticos conocidos. El estudio fue publicado hoy (jueves) en la revista Oncología de precisión JCOy fue financiado por NWO, KiKa y la Fundación Adessium.

El equipo analizó muestras de tejido de 244 niños remitidos al Centro Princesa Máxima entre finales de 2018 y mediados de 2019 por sospecha de cáncer. Se centraron en detectar los llamados genes de fusión, una especie de falla genética en la que dos genes separados juntos forman un nuevo gen defectuoso. Estos genes de fusión se encuentran en muchos tipos de cáncer y, a menudo, pueden influir en las decisiones de tratamiento.

Usando secuenciación de ARN, el equipo seleccionó un total de 78 genes de fusión. Eso fue 23, o 40%, más de lo que encontraron usando técnicas tradicionales. Los métodos tradicionales encontraron los otros 55 genes de fusión, pero a menudo solo uno de los dos genes se obtuvo de la fusión, mientras que la información de ambos genes puede ser importante para el diagnóstico o el tratamiento.

Diagnóstico más preciso

En casi un tercio de las 23 fusiones de genes específicos de secuenciación de ARN, el hallazgo condujo a un diagnóstico más preciso o a un posible tratamiento. En el caso de una niña, el diagnóstico del patólogo se modificó sobre la base de la secuenciación del ARN a fibrosarcoma infantil, un tumor de tejidos blandos, con la llamada fusión NTRK. Esto significó que pudo recibir un nuevo fármaco dirigido como parte de un ensayo clínico.

El diagnóstico de un niño de un año con un tumor cerebral se cambió de glioblastoma a glioma hemisférico, un tumor con un resultado menos malo. Cuando el tratamiento estándar dejó de funcionar, le dieron un medicamento de precisión que lo mantuvo estable por otro año.

Para un tercio de las 23 anomalías ‘perdidas’ por los diagnósticos tradicionales, actualmente no existen pruebas específicas. Para los otros cambios genéticos perdidos, las razones técnicas jugaron un papel, o simplemente no se solicitó la prueba relevante porque no parecía relevante para el tipo de tumor.

El Dr. Bastiaan Tops, jefe del Laboratorio de Diagnóstico del Centro Princesa Máxima de oncología pediátrica y colíder del estudio, dice que «la secuenciación de ARN ya se usaba antes, pero solo en niños que estaban muy enfermos y para quienes el estándar «El tratamiento había dejado de funcionar. En nuestro entorno hospitalario de investigación en el Centro Princess Máxima, hemos implementado la secuenciación de ARN en el diagnóstico estándar. Nuestro nuevo estudio muestra que este enfoque está dando sus frutos».

«Debido a que podemos observar el panorama genético completo del tumor de un niño en el momento del diagnóstico, podemos analizar las posibles consecuencias del tratamiento con el médico del niño de inmediato. Eso significa que podemos ofrecer a los niños con cáncer las mejores oportunidades, según los últimos conocimientos científicos. .»

El Dr. Patrick Kemmeren, líder de grupo y jefe de Big Data Core en el Centro Princess Máxima de Oncología Pediátrica, y colíder del estudio, dice que «en este estudio, mostramos que una sola prueba que busca en todo el ARN del tumor es casi una vez y media más sensible a las fallas genéticas en el cáncer infantil. Espero que la prueba que hemos desarrollado reemplace a los diversos métodos tradicionales en un futuro previsible».

«En mi grupo, llevamos a cabo una investigación mucho más amplia sobre las anomalías del ADN y el ARN en el cáncer infantil. Si descubrimos nuevas anomalías, también pueden incluirse de inmediato como parte de nuevos diagnósticos, e incluso analizarse retrospectivamente en niños que ya están bajo tratamiento. En De esta manera, los niños con cáncer se benefician lo más rápido posible de los nuevos hallazgos dentro de la investigación fundamental».

Brindado por Centro Princesa Máxima de Oncología Pediátrica