Un nuevo portal de acceso abierto para datos y herramientas de inmunología humana

Los investigadores del Instituto Allen de Inmunología han estado ocupados. Desde que se lanzó la división del Instituto Allen a fines de 2018, el equipo de 60 personas de inmunólogos, biólogos moleculares y computacionales, ingenieros y otro personal ha estado configurando una nueva forma de hacer investigación para manejar una gran cantidad de datos que ahora está dejando de funcionar. a través de experimentos y análisis: estudios a largo plazo de cómo el sistema inmunitario cambia, responde o deja de responder en el curso de una vida humana saludable o durante enfermedades relacionadas con el sistema inmunitario.

Ahora, la división ha creado un nuevo portal en línea para que todos exploren los detalles de su trabajo y, eventualmente, también los datos humanos relacionados con la salud y la enfermedad.

Lanzado hoy, Human Immune System Explorer es el portal de intercambio de datos del Instituto Allen de Inmunología para la comunidad en general. Construido con datos no identificados y anonimizados, el sitio permite a los científicos profundizar en los métodos y recursos que utiliza el equipo de inmunología para analizar y gestionar sus estudios sobre inmunología humana. A medida que se completen los estudios a largo plazo del equipo sobre la salud y las enfermedades inmunitarias, esos datos también se depositarán en el portal público. Los investigadores esperan que al poner sus datos a disposición del público, otros miembros de la comunidad científica analicen los datos para obtener sus propios conocimientos sobre la inmunología humana que eventualmente podrían conducir a terapias mejores y más precisas para enfermedades relacionadas con el sistema inmunitario.

A medida que el equipo de inmunología estableció un proceso especializado, también llamado línea de investigación, para llevar a cabo estudios de varios años sobre la salud y las enfermedades inmunitarias humanas, incluidos estudios del sistema inmunitario en la COVID-19, el cáncer y las enfermedades autoinmunes, se dieron cuenta de que necesitaban desarrollar nuevos métodos para estudiar el sistema inmunológico y analizar los datos resultantes. Dado que continúan dando seguimiento a voluntarios sanos y pacientes durante dos años o más, el primer lanzamiento público en la plataforma de acceso abierto contiene datos y herramientas relacionados con estos métodos recientemente desarrollados. Los datos de los estudios a largo plazo se publicarán en el portal público en los próximos años.

El primer lanzamiento público incluye:

• Protocolos que describen la línea de investigación del equipo, que captura e integra cinco tipos diferentes de datos moleculares sobre el sistema inmunitario humano de la misma persona a lo largo del tiempo, además de datos clínicos.
• Un nuevo método y la aplicación de visualización de datos que lo acompaña llamada TEA-seq, que captura tres tipos de datos simultáneamente de células inmunitarias humanas individuales: proteínas presentes en las superficies de las células; el conjunto de genes activados o expresados ​​en cada célula; y el paisaje «epigenético» de la célula, que da pistas sobre cómo se regulan sus genes
• Los datos y una visualización interactiva adjunta de los hallazgos del equipo de que los retrasos en el procesamiento de las muestras de sangre humana cambian ciertas propiedades moleculares de las células inmunitarias (este hallazgo llevó al equipo y a sus colaboradores externos a estandarizar el procesamiento rápido de las muestras de sangre después de tomarlas de los voluntarios del estudio )
• Un nuevo método y la aplicación de visualización de datos que lo acompaña denominada PALMO (Plataforma para el análisis de datos longitudinales multiómicos) para analizar datos longitudinales multiómicos, es decir, datos que capturan múltiples tipos de información, como actividad genética en todo el genoma o proteína de células completas. niveles, de miles o más de células individuales, en muestras recolectadas de pacientes durante varios puntos en el tiempo.
• Un paquete de métodos computacionales, conocido como BarWare, que rastrea la fuente original de células individuales mezcladas en el mismo experimento y las separa para su análisis.

«Desde el primer día del Instituto Allen de Inmunología, siempre tuvimos un plan para compartir abiertamente nuestros datos de investigación, pero quizás lo más importante, cómo obtenemos esos datos», dijo Tom Bumol, Ph.D., vicepresidente ejecutivo y director de el Instituto Allen de Inmunología.

«Este primer acceso al Human Immune System Explorer es realmente una ventana a lo que estamos construyendo. En este momento, ilustra algunas de las técnicas y el entorno computacional que estamos utilizando para abordar este gran y difícil problema de comprender la inmunología humana».