Seguimiento del SARS-CoV-2 en Mozambique

Un nuevo estudio codirigido por ISGlobal, el Centro de Investigación en Salud de Manhiça (CISM) y el Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV), utilizó tecnología de secuenciación de vanguardia y análisis filogenético para estudiar la segunda y tercera ola de COVID-19 en Mozambique . Los resultados, publicados en La salud global de Lancetmuestran que la variante beta del SARS-CoV-2 llegó principalmente desde Sudáfrica, mientras que la delta llegó principalmente desde Reino Unido e India, además de Sudáfrica.

Desde el comienzo de la pandemia, los esfuerzos globales para secuenciar el SARS-CoV-2 han generado una cantidad de datos sin precedentes (más de 15 millones de secuencias cargadas en el GISAID servidor hasta la fecha).

Esta información ha sido fundamental para comprender la evolución del virus y las posibles implicaciones para las vacunas y otras intervenciones de salud pública. Sin embargo, el origen de las secuencias cargadas ha sido desigual: el muestreo ha sido insuficiente en muchas regiones del mundo, lo que dificulta la vigilancia genómica a nivel local y global.

«La mayoría de los países africanos, con la excepción de Sudáfrica, han notificado un número muy bajo de secuencias. En Mozambique, por ejemplo, teníamos muy poca información sobre qué variantes virales circulaban durante las diferentes oleadas de COVID-19, o dónde llegó y cuándo», dice Alfredo Mayor, investigador de ISGlobal y CISM.

En este estudio, un equipo liderado por Mayor, Inácio Mandomando (CISM), Iñaki Comas (IBV) y Mariana López (IBV), secuenció el genoma viral de muestras de pacientes sintomáticos del sur de Mozambique recolectadas durante la segunda y tercera ola de COVID- 19 El objetivo del estudio fue cuantificar cuántas veces se habían introducido al país las diferentes variantes del virus, identificar de dónde provenían y evaluar cuánto contribuyeron a alimentar la pandemia local.

El equipo de investigación utilizó una herramienta computacional novedosa (UShER) para comparar las secuencias generadas con más de siete millones de secuencias publicadas.

Viajes regionales para beta, internacionales para delta

Los resultados confirman que la gran mayoría de las casi 1.000 secuencias de Mozambique analizadas en este estudio correspondían a la variante delta (que dominó en la tercera ola, entre junio y septiembre de 2021), seguida de beta (que dominó en la segunda ola, entre junio y septiembre de 2021). enero y marzo de 2021), aunque también se identificaron otras variantes no reportadas previamente en Mozambique (como AY.37 y C..1.2) o incluso en África (como AY.29).

El análisis mostró que la variante beta se introdujo 190 veces independientes durante un período de siete meses, principalmente desde Sudáfrica, el país vecino donde se cree que se originó la variante. No se detectó la variante alfa, que era dominante en Europa en ese momento. Por el contrario, delta se introdujo más rápidamente (la mayoría de las 220 introducciones independientes ocurrieron en cuatro meses) y desde más lejos: Reino Unido e India, además de Sudáfrica.

Delta superó rápidamente a beta, debido a su mayor transmisibilidad y mayor transmisión comunitaria. Los resultados también muestran que la mayoría de las introducciones, ya sea de beta o delta, no generaron descendientes. Solo una fracción de las introducciones contribuyó a la propagación local del virus.

“Podemos concluir que la COVID-19 se transmitió en Mozambique a través de migraciones regionales (para beta) e internacionales (para delta)”, explica Inácio Mandomando, coordinador del área de enfermedades bacterianas, virales y otras tropicales desatendidas del CISM.

“Hemos llegado a estas conclusiones porque nuestro estudio compara las secuencias virales de Mozambique con todos los datos disponibles a nivel mundial; este enfoque nos permite minimizar los sesgos a la hora de inferir el origen de las variantes”, afirma Iñaki Comas, investigador principal de la Unidad de Genómica de la Tuberculosis (IBV).

Estos resultados plantean interrogantes sobre la relación costo-beneficio de tales medidas en un contexto de fronteras porosas, como en Mozambique. «Las restricciones de movimiento y el cierre de fronteras probablemente impidieron o retrasaron en gran medida la introducción de variantes de países no africanos, pero fueron insuficientes para frenar la entrada del virus desde países vecinos», concluye Mariana López, investigadora de la Unidad de Genómica de la Tuberculosis del IBV .