Perfiles de asociación de fenómenos por subtipo de CHIP. Los perfiles se muestran para cada subtipo de gen CHIP que refleja los resultados de asociación de todo el fenoma. Él yEl eje (círculos concéntricos) representa la proporción de fenotipos dentro de una categoría de rasgos que se asociaron nominalmente (PAG ≤ 0,05) con estado de portador del gen CHIP. Un gen CHIP tenía que tener al menos una categoría de enfermedad con una proporción de fenotipos asociados ≥ 0,2 para ser incluido en la figura. Como era de esperar, los rasgos hematológicos muestran la mayor proporción de asociaciones de rasgos fenotípicos en general. El mayor número de asociaciones de cáncer se ven por DNMT3A CHIP, mientras que JAK2 CHIP muestra la mayor proporción de asociaciones cardiovasculares. Las asociaciones respiratorias son más pronunciadas para ASXL1 CHIP. SUZ12 CHIP muestra un perfil único entre los subtipos de CHIP, con una mayor proporción de asociaciones oftalmológicas y endocrinas. Se corrieron modelos de asociación con la edad, la edad2, sexo y edad × sexo, y diez componentes principales informativos de ascendencia como covariables. Crédito: Naturaleza(2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05448-9
Un equipo de investigadores de Regeneron Pharmaceuticals ha identificado nuevas variantes genómicas asociadas con la hematopoyesis clonal de potencial indeterminado (CHIP).
En su artículo publicado en la revista Naturaleza el grupo describe cómo usaron análisis de asociación de todo el exoma y todo el genoma para estudiar las diferencias en la sangre de algunas personas con mutaciones somáticas. Naturaleza también ha publicado un artículo de Research Highlights en el mismo número de la revista, en el que analiza el trabajo realizado por el equipo de Nueva York.
La hematopoyesis es un proceso que da como resultado la formación de componentes celulares de la sangre. Y la hematopoyesis clonal es la parte del proceso que está involucrada en el desarrollo de linajes celulares. La importancia del proceso general se destaca por el hecho de que cada persona produce aproximadamente 300 mil millones de células sanguíneas nuevas cada día de su vida.
Investigaciones anteriores han sugerido que existen variantes asociadas con la hematopoyesis clonal de potencial indeterminado en ciertas personas, cada una de las cuales puede tener un impacto único. En este nuevo esfuerzo, el equipo de Regeneron buscó encontrar algunos de ellos mediante el estudio de la información contenida en conjuntos de datos muy grandes, como el Biobanco del Reino Unido y la Iniciativa de Salud Comunitaria Geisinger MyCode.
Para encontrar las variantes que buscaban, los investigadores centraron sus esfuerzos de búsqueda en 23 genes que ya se han asociado con CHIP. Al buscar en los datos de 628 388 personas, pudieron identificar 40 208 portadores de al menos una variante asociada con CHIP. Luego realizaron estudios de todo el exoma y del genoma de los portadores que habían identificado. Al hacerlo, pudieron identificar 24 loci, 21 de los cuales no se habían visto antes.
Los investigadores también encontraron que pudieron identificar algunas variantes que podrían estar asociadas con la hematopoyesis clonal y la longitud de los telómeros en ciertos individuos.
En otra parte de su estudio, el equipo analizó los rasgos de salud de las personas que figuran en el Biobanco del Reino Unido en busca de asociaciones entre las personas que tenían variantes de CHIP y otros problemas. Al hacerlo, encontraron asociaciones entre personas que tenían variantes de hematopoyesis clonal y enfermedades como COVID-19, problemas cardíacos, obesidad y problemas para eliminar infecciones de varios tipos. También encontraron asociaciones entre individuos con CHIP y el desarrollo de tumores cancerosos y leucemias mieloides.
Michael D. Kessler et al, Asociaciones de variantes comunes y raras con fenotipos de hematopoyesis clonal, Naturaleza (2022). DOI: 10.1038/s41586-022-05448-9
Kirsty Minton, investigando la etiología genética de la hematopoyesis clonal, Nature Reviews Genética(2022). DOI: 10.1038/s41576-022-00565-7
© 2022 Ciencia X Red
Citación: Nuevas variantes genómicas asociadas con CHIP identificadas (20 de diciembre de 2022) recuperadas el 20 de diciembre de 2022 de https://medicalxpress.com/news/2022-12-genomic-variants-chip.html
Este documento está sujeto a derechos de autor. Aparte de cualquier trato justo con fines de estudio o investigación privados, ninguna parte puede reproducirse sin el permiso por escrito. El contenido se proporciona únicamente con fines informativos.
