Nueva plataforma informática ayuda a unir pacientes con cáncer con ensayos de terapia dirigida

A medida que más pacientes con cáncer tienen un perfil genómico de sus tumores y más terapias dirigidas a alteraciones genómicas ingresan a ensayos clínicos, la tarea de conectar a los pacientes con ensayos para los que son elegibles puede ser especialmente desafiante. Una plataforma informática desarrollada en el Dana-Farber Cancer Institute hace que el proceso de comparación sea más fácil y rápido, informan sus diseñadores en un nuevo estudio.

Llamada MatchMiner, la plataforma ayuda a los médicos e investigadores clínicos a encontrar coincidencias potenciales entre pacientes y ensayos de terapia dirigida basados ​​en alteraciones genéticas en los tumores de los pacientes. Durante un período de cinco años en Dana-Farber, ayudó a generar aproximadamente uno de cada cinco consentimientos para participar en ensayos de medicina de precisión entre pacientes con datos genómicos en MatchMiner. También aceleró el proceso de inscripción de pacientes en dichos ensayos en más de un 20 %, encontraron los autores del estudio, publicado en Oncología de precisión npj.

«Perfilar los tumores de los pacientes en busca de alteraciones genómicas se ha convertido en una parte generalizada de la atención del cáncer, especialmente a medida que los nuevos medicamentos dirigidos a esas alteraciones entran en ensayos clínicos o se aprueban como terapias contra el cáncer», dice Tali Mazor, Ph.D., coautora principal de el artículo con el colega de Dana-Farber Harry Klein, Ph.D. «La combinación de este cuerpo creciente de datos genómicos y el número cada vez mayor de ensayos de medicina de precisión ha creado una especie de desconexión: encontrar el ensayo adecuado para cada paciente puede ser una tarea difícil. MatchMiner ayuda a cerrar esa brecha».

La plataforma, desarrollada por el Grupo de Sistemas de Conocimiento en Dana-Farber dirigido por Ethan Cerami, Ph.D., y Michael Hassett, MD, MPH, se basa en los extensos programas de Dana-Farber en análisis genómico e investigación clínica. Durante la última década, se analizó el tejido tumoral de más de 40 000 pacientes en el Instituto para detectar alteraciones en más de 400 genes relacionados con el cáncer. El Instituto y sus socios lideran o participan en miles de ensayos clínicos, incluidos alrededor de 450 que involucran terapias dirigidas desde 2017. MatchMiner, que se lanzó en 2016, vincula estos sistemas para ayudar a conectar a los pacientes con los ensayos apropiados.

«MatchMiner puede ser utilizado por un oncólogo u otro médico para buscar opciones de prueba para un paciente individual», comenta Klein. «O puede ser utilizado por un equipo de prueba para identificar posibles participantes de la prueba mediante la creación de un filtro genómico que evalúe a los candidatos según criterios genómicos específicos».

A diferencia de la mayoría de las otras plataformas de comparación, que están diseñadas para usarse en un solo centro oncológico, MatchMiner es de código abierto y otras instituciones pueden adaptarlo. A medida que se abren nuevas pruebas en Dana-Farber, un curador las revisa para ver si deben incluirse en MatchMiner, lo que garantiza que la plataforma esté actualizada. A partir de marzo de 2021, 354 ensayos de medicina de precisión están integrados en MatchMiner.

En el nuevo artículo, los investigadores analizaron los datos de inscripción para los ensayos de medicina de precisión en Dana-Farber para determinar si MatchMiner aceleró el proceso de encontrar un ensayo apropiado para pacientes cuyos tumores habían sido perfilados genómicamente. Los investigadores encontraron 166 instancias en las que la plataforma identificó una posible coincidencia entre un paciente y un ensayo, y el equipo del ensayo o el oncólogo del paciente vieron la coincidencia, lo que llevó al consentimiento del paciente para unirse al ensayo.

Para evaluar más a fondo el impacto de la plataforma, los investigadores compararon el «tiempo hasta el consentimiento», el tiempo entre el perfil genético de un tumor y el consentimiento del paciente para participar en el ensayo, para los 166 consentimientos obtenidos a través de MatchMiner y para los 353 consentimientos obtenidos sin la plataforma. «Encontramos que el tiempo de consentimiento para el grupo de MatchMiner fue 55 días más rápido que para el grupo que no es de MatchMiner, una mejora del 22 %», dice Klein.

MatchMiner vincula a los pacientes con los ensayos no solo por las características moleculares del tumor del paciente, sino también por la edad del paciente y el tipo de tumor. Otros criterios del ensayo, como el estadio del tumor, el tratamiento previo y el estado de salud general del paciente, no se tienen en cuenta para la compatibilidad entre pacientes y ensayos. Como resultado, las coincidencias propuestas por MatchMiner son preliminares y necesitan seguimiento para garantizar que los pacientes cumplan con todos los criterios del ensayo, dicen los investigadores.

«MatchMiner proporciona un punto de partida para encontrar ensayos apropiados para pacientes cuyos tumores tienen alteraciones genéticas definidas», dice Mazor. Los diseñadores de la plataforma trabajarán para expandir sus capacidades para hacer una combinación más integral, agrega. A través de una colaboración con Kenneth Kehl, MD, MPH, MatchMiner está probando predicciones basadas en IA para identificar mejor a los pacientes que pronto pueden necesitar una nueva opción terapéutica como un ensayo clínico.