Derecha: glicanos que muestran geometrías muy conservadas alrededor de enlaces glucosídicos cruciales cerca de la proteína. Izquierda: Azúcares ubicados en el llamado dominio S2 que está próximo a la membrana viral. Crédito: Nicola Abrescia, Gonzalo Jiménez Osés. Modificado de Frontiers in Microbiology
Se ha recopilado una gran cantidad de información sin precedentes sobre el SARS-CoV-2 en un período muy corto. Esta información se enfoca principalmente en el proceso de entrada celular y el mecanismo de reconocimiento de anticuerpos donde ocurren principalmente interacciones proteína-proteína.
Los grupos del Dr. Abrescia y el Dr. Jiménez-Osés en CIC bioGUNE han combinado la criomicroscopía electrónica de alta resolución y la simulación por computadora para comprender la correlación entre la identidad del azúcar y la flexibilidad en la glicoproteína del pico del SARS-CoV-2 y publicaron los resultados en Fronteras en Microbiología.
El acceso rápido y gratuito a los microscopios Krios de gama alta en eBIC-Diamond LS (Reino Unido) por parte de Abrescia Lab ha permitido una reconstrucción 3D de la proteína espiga a una resolución de 4,1 Å con un número muy limitado de partículas contribuyentes (~23 000) en las que el la densidad de los glicanos que decoran es tan clara como otros mapas de mayor resolución para los que se necesitaron cientos de miles de partículas.
Los azúcares más ordenados se encuentran en el llamado dominio S2, que se encuentra próximo a la membrana viral. Las variaciones químicas de los glicanos descubiertos por espectrometría de masas se modelaron en aminoácidos glicosilados representativos por el laboratorio de Jiménez-Osés y no mostraron una influencia significativa en el blindaje de proteínas o la flexibilidad de los glicanos. Se utilizaron métodos matemáticos para comparar la densidad crio-EM y los modelos informáticos de átomo completo resueltos en el tiempo. Los mejores ajustes entre las dos técnicas se caracterizan por que los glucanos muestran geometrías muy conservadas alrededor de enlaces glucosídicos cruciales cerca de la proteína.
Ser capaz de predecir el comportamiento de los glucanos es relevante porque esta ubicación S2 en la espiga es el objetivo ideal para un pan-ligando capaz de neutralizar el virus después de la entrada en la célula. Este estudio, también el resultado de colaboraciones con los laboratorios Jiménez-Barbero, Millet y Connell, muestra que las herramientas experimentales y computacionales combinadas pueden proporcionar información valiosa sobre las preferencias conformacionales de glicoconjugados inherentemente flexibles y complejos, avanzando en el descubrimiento de nuevos fármacos capaces de evadir el escudo de glucano de proteínas virales infecciosas.
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Soledad Stagnoli et al, Evaluación de la movilidad de los glucanos de proteína de pico de coronavirus-2 del síndrome respiratorio agudo severo mediante métodos estructurales y computacionales, Fronteras en Microbiología (2022). DOI: 10.3389/fmicb.2022.870938
Proporcionado por CIC bioGUNE
Citación: Más información sobre el escudo de glucano de proteína de pico de SARS-CoV-2 (23 de mayo de 2022) consultado el 23 de mayo de 2022 en https://phys.org/news/2022-05-insights-sars-cov-spike-protein-glicano .html
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