Un nuevo sistema para nombrar ciertos microbios promete agilizar el proceso y aliviar el retraso creado por las miles de especies descubiertas a través de los análisis de ADN en los últimos años. En un artículo publicado hoy en Microbiología de la naturalezainvestigadores describir SeqCodeun protocolo que permite, por primera vez, nombrar bacterias recién descubiertas y otros procariotas basándose únicamente en su secuencia de ADN.
“Creo que el SeqCode, o algo parecido, es necesario para la microbiología actual, debido a la abrumadora dependencia actual de los datos genómicos para analizar microorganismos”, dice Edward Moore, microbiólogo de la Universidad de Gotemburgo, pero aún no está listo para adoptar este sistema de identificación en particular. Hasta ahora, los microbiólogos que buscaban la aceptación de que un microbio unicelular aparentemente novedoso era real tenían que seguir el protocolo descrito en el Código Internacional de Nomenclatura de Procariotas (CIPE). Como parte del proceso, los investigadores deben tener éxito en el cultivo de especies de bacterias, u otros procariontes llamados arqueas, en el laboratorio y enviar un cultivo «tipo», una muestra viva o congelada del microbio que sirva como referencia de su identidad. , a al menos dos repositorios mundiales. También se requiere una descripción publicada en una revista científica y debe ser aceptada por el Comité Internacional de Sistemática de Procariotas (ICSP), que administra la ICNP.
Sin embargo, con el auge de la secuenciación ambiental y la metagenómica, en la que todo el ADN de una muestra del aire, el agua, el intestino de un animal u otro entorno se secuencia y se compara con el ADN de las bases de datos existentes para proporcionar información sobre qué organismos están presentes. ha habido un aumento exponencial en las secuencias de ADN microbiano que pertenecen a ningún procariota conocido; a veces los investigadores pueden reconstruir un genoma completo, pero a menudo es posible que falten algunas piezas. Aproximadamente 5000 microbios identificables solo por su ADN ahora están esperando intentos de cultivo y caracterización adicional. El problema de cómo llamar a estas nuevas adiciones «se está volviendo cada vez más difícil», dice Gemma Reguera, microbióloga de la Universidad Estatal de Michigan y editora en jefe de la American Society for Microbiology’s (ASM) Microbiología Aplicada y Ambiental diario.
El equipo detrás de SeqCode lo desarrolló como respuesta a algunos de estos problemas. “Necesitábamos algo más fácil” que el protocolo ICNP, explica William Whitman, microbiólogo de la Universidad de Georgia que encabezó el desarrollo de SeqCode. Los investigadores que han depositado y publicado la secuencia de ADN de un posible nuevo procariota presentan una solicitud a través del sitio web SeqCode, no se requieren cultivos. El sistema verificará automáticamente para asegurarse de que la secuencia sea única al revisar las bases de datos existentes. SeqCode también requerirá que el nombre propuesto siga ciertas pautas, como ser informado en una publicación científica (los proponentes deben incluir una cita) y seguir procedimientos de nomenclatura estandarizados que usen el latín de manera apropiada.
La primera propuesta de Whitman fue que las secuencias de ADN se aceptaran como parte del protocolo de nomenclatura de ICSP en 2015. En 2020, la idea se sometió a votación y la comunidad de microbiología la rechazó tres a uno. El desarrollo de SeqCode como un protocolo separado fue una respuesta a ese voto.
Algunos microbiólogos ya han comenzado a usar SeqCode. Jeremy Dodsworth, geomicrobiólogo de la Universidad Estatal de California, San Bernardino, ha otorgado tentativamente el nombre Wolframiiraptor gerlachensis en un arqueón de aguas termales que depende del tungsteno para sobrevivir y tiene varias especies más de la investigación de su grupo a las que planea ingresar. Él y sus colegas han podido crecer W. gerlachensis en el laboratorio pero no por sí mismo, lo que impide que la muestra pura necesaria para la colección de cultivo pueda obtener un nombre tradicional.
Pero aún no está claro si SeqCode se afianzará, dice Iain Sutcliffe, bacteriólogo de Universidad de Northumbria que también ayudó a desarrollar la alternativa. Algunos microbiólogos se niegan a aceptar un genoma como prueba suficiente de la existencia de una especie porque el organismo no se identifica físicamente ni se cultiva en un laboratorio. «Los microbios recién descubiertos pero no cultivados son simplemente microbios hipotéticos», dice Moore.
Aunque Moore reconoce la necesidad de incorporar al campo el auge del descubrimiento de especies bacterianas basado en el ADN, no cree que sea necesario, o práctico, asignar nombres completos derivados del latín a los miles de microbios debido al trabajo involucrado. Él favorece un sistema de clasificación numérica en su lugar.
Por ahora, los sistemas de nombres antiguo y nuevo se ejecutarán en paralelo para que los microbiólogos puedan usar cualquiera de los dos, pero Whitman espera que finalmente se fusionen en uno solo. Moore no ve eso sucediendo, ya que «las reglas de ICNP y las reglas de SeqCode entran en conflicto entre sí», dice.
Reguera dice que ella y otros editores de revistas en ASM tendrán que evaluar SeqCode más a fondo para decidir si usarlo y cómo. Personalmente, ella está vendida. “Estoy ansiosa por intentarlo”, y espera que muchos ecologistas microbianos también lo hagan. Sutcliffe, aunque esperanzado, no está seguro de lo que sucederá. «Solo el tiempo dirá si la comunidad en general hará uso de SeqCode».
