Kamui Kobayashi se hizo con la pole en el Toyota GR010 Hybrid n.º 7 con un tiempo de 1:29,234 s en su primera vuelta rápida.
La primera vuelta de Brendon Hartley en el auto hermano fue de 1m29.285s, antes de hacer una pequeña mejora a 1m29.254s.
Matthieu Vaxiviere tomó la tercera posición a bordo del Alpine A480-Gibson, terminando a solo dos décimas de los Toyota con un tiempo de 1:29.446.
Los dos Peugeot estaban a un segundo del ritmo en cuarta y quinta posición.
Un 1m30.000s de Jean-Eric Vergne en el #93 Peugeot 9X8 le dio el cuarto lugar, mientras que Loic Duval terminó con un 1m30.152s en el #94.
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Antonio Félix da Costa consiguió la pole LMP2 para el equipo JOTA con un tiempo de 1m31.649s a bordo del #38 Oreca 07-Gibson LMP2.
Eso lo puso medio segundo por delante del pelotón después de las primeras vueltas, pero la brecha se redujo después de que todos los corredores líderes hicieran más vueltas con un segundo juego de neumáticos.
Da Costa no pudo mejorar su tiempo, pero Nicklas Nielsen bajó a 1m31.929s en el AF Corse Pro/Am Oreca para tomar la segunda posición.
Robin Frijns se había clasificado tercero en el #31 WRT Oreca con un tiempo de 1m32.059s, pero su tiempo de vuelta fue rayado por una violación de los límites de la pista, lo que lo dejó en cuarto lugar detrás de Ferdinand Habsburg en el auto hermano #41 Realteam by WRT.
Porsche encabeza la calificación de GTE Pro
Michael Christensen obtuvo la pole position para Porsche en GTE Pro.
El danés logró el primer puesto en su primera vuelta rápida con un tiempo de 1:36.371 a bordo del Porsche 911 RSR n.° 92, que terminó casi dos décimas por delante de James Calado en el AF Corse Ferrari 488 GTE Evos más rápido.
El 1m36.566 de Calado le dio un margen similar sobre el segundo Porsche calificado por Gianmaria Bruni, quien registró un 1m36.800s.
Miguel Molina ocupó el cuarto lugar en el segundo de los Ferrari con un tiempo de 1:36.851 en su tercera vuelta rápida.
Nick Tandy de Corvette quedó en la parte trasera de la clase GTE Pro de cinco autos con un tiempo de 1:37.127.
Ben Keating logró una tercera pole de la temporada en GTE Am a bordo del TF Sport Aston Martin Vantage GTE, superando a Sarah Bovy en el Iron Dames Ferrari por solo cinco centésimas de segundo.
Keating estableció un tiempo de 1m39.309s, que se compara con el 1m39.371s de Bovy.
Franck Dezoteux ocupó el tercer lugar en el Spirit of Race Ferrari de AF.
Las 6 horas de Fuji, la penúltima ronda del WEC de este año, comienzan a las 11:00 hora local del domingo.
