Para el sur de Kyushu, la JMA predijo una enorme cantidad de 1.100 mm de precipitación en las 48 horas hasta el viernes por la mañana.
Un video transmitido por la cadena pública NHK TV mostró tejas desprendidas de las casas, ventanas rotas y árboles derribados.
«El techo de nuestra cochera voló por completo. Yo no estaba en casa cuando ocurrió, pero mis hijos dicen que sintieron el temblor tan fuerte que pensaron que se había producido un terremoto», dijo a NHK un residente de Miyazaki.
«Me sorprendió. Superó por completo nuestra imaginación», dijo.
El gigante automovilístico Toyota ha suspendido la producción en sus 14 fábricas en Japón.
Japan Airlines canceló 172 vuelos nacionales y seis internacionales programados para el miércoles y jueves, mientras que ANA canceló 219 vuelos nacionales y cuatro internacionales el miércoles, jueves y viernes.
Las cancelaciones afectaron a unas 25.000 personas.
Kyushu Railway dijo que suspendería algunos servicios de tren bala Shinkansen entre Kumamoto y Kagoshima Chuo a partir del miércoles por la noche y advirtió sobre posibles nuevas interrupciones.
Los trenes entre Tokio y Fukuoka, la ciudad más poblada de Kyushu, también podrían cancelarse dependiendo de las condiciones climáticas esta semana, dijeron otros operadores.
Shanshan llega tras el paso del tifón Ampil, que interrumpió cientos de vuelos y trenes este mes.
A pesar de las fuertes lluvias, sólo causó heridos y daños menores.
Ampil llegó días después de que la tormenta tropical María trajera lluvias récord a las zonas del norte.
Los tifones en la región se han estado formando más cerca de las costas, intensificándose más rápidamente y durando más tiempo sobre la tierra debido al cambio climático, según un estudio publicado el mes pasado.
