El esfuerzo de los EE. UU. para rastrear la aparición de nuevas variantes del SARS-CoV-2 mediante la secuenciación de los códigos genéticos de los virus de los casos confirmados en laboratorio tuvo problemas para despegar en 2020, pero logró avances significativos en 2021. Y la semana pasada, los Centros para la Enfermedad La Oficina de Detección Molecular Avanzada (OAMD, por sus siglas en inglés) de Control y Prevención (CDC, por sus siglas en inglés), que supervisa la vigilancia en los EE. Centros de excelencia en genómica de patógenos— emparejamientos de departamentos de salud pública estatales o locales con centros académicos para seguir haciendo que los esfuerzos de vigilancia de EE. UU. sean más ágiles y efectivos.
CienciaInsider habló esta semana con Duncan MacCannell, director científico de OAMD, sobre los nuevos desafíos que surgen a medida que los casos de SARS-CoV-2 se han desplomado a sus niveles más bajos desde julio de 2021, las pruebas han disminuido drásticamente y el esfuerzo de vigilancia de los CDC entra en una nueva fase. Esta entrevista ha sido editada por motivos de brevedad y claridad.
P: ¿Cómo va ahora la vigilancia estadounidense?
A: Muy bien. Una de las cosas más importantes que ha sucedido en los últimos 1, 1,5 años ha sido el aumento en el número de departamentos de salud pública estatales y locales que se conectaron y pudieron usar la secuenciación como parte de su estrategia de vigilancia continua. Actualmente, tenemos 72 laboratorios de salud pública estatales y locales que secuencian muestras de SARS-CoV-2 de forma rutinaria. En marzo de 2020, solo había seis.
Y hay otros tipos de vigilancia que hemos puesto en línea. los Sistema Nacional de Vigilancia de Aguas Residualespor ejemplo, está trabajando para armonizar la vigilancia de las aguas residuales en todo Estados Unidos.
También estamos trabajando con asociaciones académicas que continuamos construyendo. Estamos realmente entusiasmados con los Centros de Excelencia de Genómica de Patógenos. Creo que va a establecer una nueva base para la epidemiología genómica en el país.
P: A principios de 2021, Estados Unidos estaba secuenciando menos del 1 % de los casos de COVID-19 confirmados por laboratorio. Para el verano, habías aumentado eso a 8.6%. ¿Dónde estás ahora?
A: Quiero alejarlo del uso de porcentajes. Lo más importante es ¿de dónde obtiene los datos que necesita? ¿Y puede tomar decisiones significativas como resultado de los datos que recopila? Algunos de los cambios que hemos promulgado en los últimos años realmente han buscado asegurarnos de que estamos capturando datos y secuencias de una amplia geografía en los Estados Unidos. Es un problema realmente desalentador cuando se opera a ese tipo de escala.
P: Pruebas de laboratorio de EE. UU. para COVID-19 ha caído bruscamente, hasta unas 622.000 pruebas diarias, menos de una cuarta parte del promedio a mediados de enero. ¿Qué tan importante es la prueba continua para la identificación precisa y oportuna de nuevas variantes?
A: Definitivamente es una consideración. Si tiene varios municipios que están comenzando a disminuir la frecuencia con la que realizan las pruebas, si están enfocando sus pruebas en grupos específicos, eso cambia el muestreo y la perspectiva en todo el país. Realmente no importa tanto cuando las tasas de casos son bajas porque no hay tantos virus circulantes para monitorear. Donde se convierte en un desafío es si las cosas cambian, si hay un aumento.
Pero creo que hay razones para el optimismo. En primer lugar, muchos departamentos de salud pública estatales y locales pueden realizar pruebas y secuencias internamente. Están muy comprometidos con sus comunidades locales y pueden acceder a muchas muestras y comprender lo que circula en el estado y en la comunidad.
[Through] grandes laboratorios comerciales y a través de los departamentos de salud pública estatales y locales, hay una recolección de referencia continua de muestras de una amplia geografía.
Las pruebas continuarán realizándose en la mayoría de los entornos de atención aguda. Y tenemos varios sistemas imparciales diferentes, como la vigilancia de aguas residuales, que no se verán afectados por los cambios en las pruebas.
P: ¿Tiene el ojo puesto en alguna variante en particular además de la subvariante Omicron más infecciosa, BA.2, que dijeron los CDC? martes ahora representa más de la mitad de los casos nuevos en EE. UU.?
A: BA.2 es definitivamente la variante a la que estamos prestando más atención en este momento. Pero estamos monitoreando muchas variantes diferentes y muchos patrones diferentes de mutaciones para ver si alguno es preocupante.
Una de las cosas que estamos observando de cerca en este momento es la posible aparición de virus recombinantes, especialmente con estas grandes oleadas de diferentes variantes que se precipitan y chocan entre sí. Cada vez somos más empezando a ver evidencia de virus recombinantes de alrededor del mundo. Tienen el potencial de efectuar un cambio repentino en el comportamiento o las propiedades del virus. Pero hasta ahora, los números siguen siendo bastante bajos y solo unos pocos parecen estar circulando ampliamente.
P: ¿Qué te mantiene despierto por la noche?
A: Principalmente conferencias telefónicas en estos días. Hoy fue un comienzo a las 2 am.
Incertidumbre. En este momento, las tasas de casos son bajas. Me preocupa que sea fácil volverse complaciente. Mantener una vigilancia adecuada [and] mantener una acción de salud pública adecuada son cosas que quiero asegurarme de que sigamos haciendo.
