El estudio apunta a pruebas genómicas ampliadas que tienen como objetivo beneficiar a niños y adultos jóvenes con cáncer

Nuevos hallazgos de investigadores del Memorial Sloan Kettering Cancer Center (MSK) y publicados hoy en la revista Comunicaciones de la naturaleza informan los resultados del uso de un enfoque de secuenciación integral en 114 pacientes pediátricos, adolescentes y adultos jóvenes con tumores sólidos. Los investigadores encontraron que su enfoque identificó al menos una variante oncogénica adicional asociada con el cáncer en el 54% de los pacientes (62 de 114), en comparación con la prueba de secuenciación genética estándar actual MSK-IMPACT. De estos, 33 pacientes tuvieron uno o más hallazgos que fueron de relevancia clínica directa o potencialmente procesable.

Las pruebas de secuenciación de ADN que buscan mutaciones en los genes asociados con el cáncer se han convertido en un estándar de atención en los principales centros, incluido MSK. La prueba MSK, llamada MSK-IMPACTO, puede detectar mutaciones en más de 500 genes relacionados con el cáncer. A partir de esta información, los médicos pueden determinar si un medicamento disponible podría beneficiar a un paciente en particular, según el perfil genético del tumor.

Este enfoque de panel de genes del cáncer funciona muy bien para adultos con tipos comunes de cáncer, como cáncer de mama, colorrectal, de pulmón y de próstata. Pero para los cánceres raros en niños y adultos jóvenes, estas pruebas de panel no han sido tan útiles para emparejar a los pacientes con las terapias apropiadas. Esto se debe a que, como los investigadores se están dando cuenta, los tipos de mutaciones que provocan tumores en pacientes jóvenes tienden a ser diferentes a los de los pacientes adultos.

«Los cánceres en adultos por lo general son causados ​​por una acumulación de por vida de mutaciones por la exposición a elementos como la luz solar, el humo del cigarrillo y carcinógenos en la dieta», explica el médico y científico Andrew Kung, presidente del Departamento de Pediatría de MSK e investigador del Causas moleculares de los cánceres infantiles. «Esas mutaciones suelen ser lo que se llama mutaciones puntuales, donde se cambia una sola letra de ADN en un gen».

«Con los cánceres pediátricos», continúa, «las mutaciones impulsoras tienden a ser cambios estructurales que afectan a secciones completas de los cromosomas. Estos a menudo se ubican fuera de los límites de los genes cancerosos conocidos, donde pasan desapercibidos por las pruebas existentes».

Para visualizar mejor estas variantes estructurales, los investigadores necesitan una forma de leer no solo los cambios en la ortografía de «palabras» particulares o genes del cáncer, sino también la organización de esas palabras en el contexto de párrafos y capítulos. Eso es lo que proporciona una técnica llamada secuenciación de ADN y ARN del genoma completo, y el Dr. Kung y sus colegas creen que puede marcar una diferencia importante en el cuidado de los niños con cáncer.

«Todo el mundo está de acuerdo en que la secuenciación del genoma completo eventualmente se convertirá en la prueba de diagnóstico de referencia para perfilar tumores», dice la oncóloga computacional de MSK, Elli Papaemmanuil. «Pero ha habido varios obstáculos en el camino».

El más grande, dice, es poder dar sentido a la gran cantidad de datos que provienen de la secuenciación de los miles de millones de letras de ADN que componen un genoma completo, identificando y, relacionado, transmitiendo la información clínicamente relevante a los médicos en un período de tiempo que podría ayudar con las decisiones de atención. En la investigación publicada, los investigadores han refinado el análisis de dichos datos para que se realice en unos pocos días, en comparación con los enfoques estándar que requieren semanas o meses.

Todavía no es un reemplazo para otras pruebas

Los investigadores enfatizan que la nueva plataforma no reemplaza actualmente a las pruebas basadas en paneles, como MSK-IMPACT, que funcionan bien para capturar mutaciones relevantes en pacientes adultos con tumores comunes y han marcado una diferencia en sus resultados.

«Lo que estamos tratando de hacer es brindar un enfoque más integral a los pacientes pediátricos y otros con cánceres raros, una minoría de los cuales se beneficia de las pruebas basadas en paneles», dice el Dr. Kung. «Queremos que la medicina de precisión sea más inclusiva y una posibilidad para todos los pacientes con cáncer».

Los autores del estudio dicen que los beneficios para los pacientes pediátricos son tan convincentes que este tipo de prueba ahora está disponible para todos los pacientes pediátricos en MSK a través de fondos filantrópicos.