Los funcionarios de PSSI no respondieron de inmediato a las solicitudes de comentarios de Reuters.
A principios de este mes, los manifestantes marcharon en la capital, Yakarta, ondeando banderas indonesias y palestinas y exigiendo que a Israel no se le permitiera participar.
La población de Indonesia es predominantemente musulmana. La mayoría de los musulmanes indonesios practican una versión moderada del islam, pero en los últimos años ha habido un aumento del conservadurismo religioso que se ha infiltrado en la política.
A principios de esta semana, el PSSI dijo que perder los derechos de hospedaje perjudicaría las posibilidades de los equipos de fútbol de Indonesia de participar en otros torneos de la FIFA, mientras que las pérdidas económicas ascenderían a «billones de rupias».
El miércoles, la FIFA dijo que estaba comprometida a ayudar al PSSI luego de una estampida mortal el año pasado que provocó la muerte de 135 espectadores en un estadio en Java Oriental en octubre.
«Los miembros del equipo de la FIFA seguirán estando presentes en Indonesia en los próximos meses y brindarán la asistencia necesaria a la PSSI, bajo el liderazgo del presidente Thohir», dijo la FIFA en el comunicado.
«Próximamente se programará una nueva reunión entre el presidente de la FIFA y el presidente de PSSI para más discusiones».
Como anfitrión, Indonesia se clasificó automáticamente para la Copa Mundial Sub-20, pero no ha jugado en el torneo desde 1979.