Secuenciación de ARN de células de líquido amniótico para diagnóstico prenatal

Un equipo de investigación clínica de la Universidad de Hong Kong (HKUMed) ha utilizado células de líquido amniótico obtenidas durante las semanas 16 a 24 de embarazo como un nuevo tipo de muestra para la secuenciación de ARN en el diagnóstico prenatal para ayudar a más familias con un manejo clínico personalizado. Este es el primer estudio de prueba de concepto que demuestra la utilidad clínica potencial de la secuenciación de ARN de células de líquido amniótico. Los hallazgos han sido publicados en la revista, npj Medicina genómica.

Las enfermedades raras suelen ser de origen genético. Aunque individualmente raras, las enfermedades colectivamente raras se encontraron en 1 de cada 67 en la población de Hong Kong, según el estudio anterior del equipo. La identificación de la causa genética en enfermedades raras puede brindar un asesoramiento preciso para un mejor manejo clínico y la planificación de futuros embarazos, lo cual es fundamental para apoyar a las pacientes. Las tecnologías actuales para el diagnóstico prenatal se basan en gran medida en el ADN, y una gran proporción (60-70%) permanece sin diagnosticar, lo que genera incertidumbre clínica y ansiedad en los padres.

Recientemente, se ha descubierto que la secuenciación de ARN aumenta el rendimiento diagnóstico entre un 10 % y un 36 %; sin embargo, ninguno de estos estudios se centró en el diagnóstico prenatal. Además, a pesar de la disponibilidad de una gran base de datos bien establecida que cataloga el perfil de expresión génica de diferentes tejidos para adultos, falta un conjunto de datos similar disponible públicamente para células de líquido amniótico que reflejen la etapa embriológica y fetal. Por lo tanto, es necesario realizar más estudios e investigaciones sobre la secuenciación del ARN en el entorno prenatal.

El equipo de investigación demostró la utilidad clínica potencial de la secuenciación de ARN de células de líquido amniótico. Se estableció una línea de base para el perfil de expresión génica de las células de líquido amniótico mediante la secuenciación de ARN en más de 50 muestras de líquido amniótico. El establecimiento del perfil de expresión génica fue un paso esencial en la aplicación de la secuenciación de ARN al flujo de trabajo de diagnóstico clínico seleccionado actualmente.

Los investigadores encontraron que la cantidad de genes bien expresados ​​en las células del líquido amniótico era comparable a otros tejidos clínicamente accesibles que se usan comúnmente para el diagnóstico genético en diferentes categorías de enfermedades. El equipo de investigación también comparó los datos de secuenciación de ARN de cuatro fetos afectados con anomalías congénitas estructurales con la línea de base establecida para detectar posibles valores atípicos.

En colaboración con la Universidad Técnica de Munich en Alemania, se adaptó una tubería de bioinformática para mejorar la detección de valores atípicos para el análisis posterior. Una curación más profunda mostró que los valores atípicos se pueden identificar en los genes asociados con las anomalías congénitas estructurales correspondientes en los cuatro fetos afectados. La identificación de los valores atípicos proporciona más evidencia a nivel de ARN para ayudar al diagnóstico.

Los hallazgos de este estudio tienen implicaciones significativas para resolver enfermedades raras no diagnosticadas en Hong Kong. Es la primera vez que se informa en la literatura que la secuenciación de ARN de células de líquido amniótico proporciona una utilidad clínica potencial en el diagnóstico prenatal. Con la identificación de la causa genética, es posible la medicina de precisión, como el manejo clínico personalizado y el diagnóstico genético preimplantacional para familias con antecedentes familiares.